Τα περισσότερα αντικείμενα στο GeoGebra μπορεί να διαγραφεί με ένα απλό δεξί κλικ και στη συνέχεια, επιλέγοντας το σημείο σε όλα. Αυτό είναι επίσης το εργαλείο πένας, όπου πρέπει απλώς να κάνετε δεξί κλικ στη γραμμή του μολυβιού και να επιλέξετε το στοιχείο μενού "Διαγραφή".