Geogebra har et utal af kommandoer, som kan skrives i fx input-feltet. Med disse kommandoer kan man få GeoGebra til automatisk at udregne ting, som førhen tog meget langt tid og mange krævede, at man kunne indsætte og bruge nogle meget store formler.
Et eksempel
Tag fx det at skulle finde rødder for en andengradsfunktion med forskriften f(x)=2x^2 3x 2, hvor det kræver, at man kunne indsætte i formlerne
og 
Det klares i GeoGebra ved først at skrive forskriften i input-feltet og derefter skrive kommandoen rod[f]
2x^2 3x 2 Rod[f]
Du kan få en liste over kommandoerne herunder.
Danske kommandoer – ikke alle kommandoer er oversat til dansk
wiki.geogebra.org/da/Kategori:Kommandoer